بخش کتب پزشکی شامل مجموعه ای بی نظیر از قدیمی ترین کتب پزشکی خصوصا تالیفات و ترجمه های پزشکان ارجمند ایرانی تا جدیدترین موضوعات پزشکی می باشد که قابل استفاده برای محققین می باشند این بخش در حال حاضر شامل 2200 عنوان کتاب لاتین و 1000 عنوان کتاب فارسی و بخش کتب غیرپزشکی که شامل مجموعه ای از کتب مذهبی-فرهنگی و تاریخی در زمینه های مختلف می باشد.